Baeten werkt sinds 1991 aan de TU/e. Eerst als hoogleraar Theoretische Infor-matica en sinds 2010 als hoogleraar Systems Engineering. In die periode was hij twee keer decaan en twee keer vice-decaan cvan de faculteit Wiskunde & Informatica. Verder stond hij aan de basis van de onderzoeksschool IPA en het Eindhoven Embedded Systems Institute. Ook was hij wetenschappelijk directeur van het Stan Ackermans Instituut.

Het CWI omschrijft Baeten als een ‘zeer gerenommeerde onderzoeker, met een uitstekend inzicht in beide werkvelden van de wiskunde en informatica en veel ervaring in het aantrekken van externe financiering’. Peter van Laarhoven, voorzitter van het CWI-bestuur, schrijft: ‘Baeten is een krachtig bestuurder, met oog voor de mens in de organisatie’ (FvO)