Verhaegen studeerde Econometrie en promoveerde op dit vakgebied aan de Erasmus Universiteit Rotterdam (EUR). Hij startte zijn carrière als wetenschappelijk hoofdmedewerker aan de Faculteit der Economische Wetenschappen van deze universiteit. Daarna was hij achtereenvolgens werkzaam als hoofd Financiële Markten en Instellingen op het Ministerie van Financien en tevens secretaris van de Centrale Beleggingsraad; Directeur Economische Zaken van VNO-NCW; hoogleraar Management en tevens decaan van de Rotterdam School of Management van de EUR; decaan Internationale Zaken van de EUR; en sinds 1 oktober 2006 lid van het College van Bestuur en tevens hoogleraar 'Entrepreneurial Finance' aan de Faculteit Technologie Management van de TU/e.

In 2003 trad Verhaegen aan als voorzitter van de Community of European Management Schools (CEMS), een consortium van zeventien Europese Business Schools en vijftig internationale bedrijven. Daarnaast heeft hij zich verdienstelijk gemaakt als senior-adviseur van de European Foundation of Management Development en voorzitter van het Programma Accreditatie Bestuur van deze organisatie; bestuurslid van EQUAL (een internationale organisatie van kwaliteitsbeoordelings- en accreditatie-instanties op het terrein van managementonderwijs in Europa); lid en voorzitter van een groot aantal beoordelingscommissies van EQUIS (de Europese accreditatie-organisatie voor vooraanstaande Europese, Amerikaanse en Aziatische business schools); en adviseur van diverse Europese businessschools.

Maatschappelijk heeft hij zich onder meer verdienstelijk gemaakt als lid van de Raad van Toezicht van de verzekeringsgroep De Noordhollandsche; lid van de adviesraad van de Association Science Alliance; bestuurslid van de Stichting ARTRA; Management Director van NT Holding BV; voorzitter van het programmabestuur van het Economic Institute for SME's; lid van de raad van toezicht van Esso Nederland BV en lid van de raad van commissarissen van TIAS Nimbas Business School, waarin de Universiteit van Tilburg en de TU/e samenwerken.